ภายในวัดมีเจดีย์บรรจุพระบรมสารีริกขธาตุ อยู่ทางด้านทิศเหนือของวัด เป็นเจดีย์ทรางสี่เหลี่ยม ด้านบนยอดมียอด 9 ยอด เรียกกันว่า "เจดีย์นพจุฑา" หมายถึงเจดีย์ 9 ยอด ภายในบริเวณวัดมีถ้ำอยู่ 3 ถ้ำ คือ ถ้ำปลา ถ้ำเปลวป่องฟ้า ถ้ำกู่แก้ว

ถ้ำปลา

ตามตำนานโยนกกล่าวว่า เป็นสถานที่ที่องค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าเสด็จมาประทับพระอิริยาบถแล้วได้ทรงอธิษฐานปล่อยปลาลงไว้ภายในถ้ำนี้ตามตำนานกล่าวว่า ในราวพรรษาที่ 19 หรือ 20 หลังการตรัสรู้ พระพุทธเจ้าได้เสด็จมาโปรดสัตว์เสด็จออกบิณฑบาตร ณ เมืองโยนกนาคนครไชยบุรีศรีช้างแสน ทรงโปรดพระเจ้าสิงหนวัติราชา ผู้ครองนคร และปู่เจ้าลาวจก ทรงบิณฑบาตรในมืองแล้วเสด็จไปฉันบิณฑบารตรที่ถ้ำปุ่ม จากนั้นได้ทรางดำเนินเลียบตีนเขาไปทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ มายังถ้ำเปลวป่องฟ้า ได้ทรงนำเอาปลาห่อหมก (ปลาห่อหนึ้ง) ปลาไม้หีบปิ้ง ที่ทรงได้รับจากบิณฑบาตรมาอะษฐานให้เขามีชีวิต ให้พระอานนท์เทน้ำจากบาตรพร้อมทั้งปล่อยปลาเหล่านั้นลงไปในรูเหวบนถ้ำเปลวป่องฟ้า น้ำนั้นไหลออกหน้าผาไปทางทิศตะวันออก ด้วยเหตุนี้ถ้ำนั้นจึงถูกเรียกว่าถ้ำปลา พระพุทธเจ้าได้ทรงอธิษฐานเอาก้อนหินใหญ่ก้อนหนึ่งปิดรูเหวที่ทรงเทน้ำลงไปนั้นเสีย เอาพระหัตถ์ลูบคลำพระเกษามาเส้นหนึ่ง ทรงอธิษฐานบรรจุไว้ในก้อนหินใหญ่นั้น เพื่อให้เป็นที่สักการะบูชาแก่คนและเทพยดาสืบไป             

            ถ้ำปลามีลักษณะเป็นโพรงหินกว้างใหญ่ลึกเข้าไปในภูเขา อยู่ระดับต่ำกว่าพื้นดิน มีน้ำใสเย็นไหลออกมาตลอดปี ในอดีตมีปลาชุกชุมตามธรรมชาติ เวียนว่ายอยู่ในแอ่งบริเวณปากถ้ำ เรียกว่าปลาพวงหิน หรือปลาพุง ลักษณะรูปร่างกลมยาว มีเกล็ดตามลำตัวคล้ายปลาช่อน แต่สีออกน้ำเงินเข้ม มีแถบสีน้ำเงินพาดสีข้าง ลำตัวยาวร่วมคืบ และยังมีปลาสวยงามอีกหลายชนิด ซึ่งปัจจุบันได้สูญพันธุ์ไปแทบไม่เหลือให้เห็น อันมีสาเหตุมาจากลูกปลาเหล่านี้ถูกปลาพื้นบ้านกินเป็นอาหาร เป็นการทำลายล้างกันเองตามธรรมชาติ จึงนับเป็นสิ่งที่น่าเสียดายยิ่ง ปัจจุบันมีผู้นำปลาสวยงามมาปล่อย และจำกัดบริเวณมิให้ปลาจากแหล่งน้ำอื่น ๆ เข้ามารบกวน เนื่องจากมีผู้อ้างว่ายังพบเห็นปลาพันธุ์เดิมหลงเหลืออยู่แต่ไม่มากนัก                                                 

            นอกจากในน้ำจะมีปลาแล้ว บริเวณถ้ำปลายังมีลิงป่าฝูงใหญ่อาศัยอยู่บนยอดเขาเหนือปากถ้ำ มักจะลงมาหาอาหารจากนักท่องเที่ยว โดยปกติแล้วอาหารของลิงคือยอดไม้ แต่นักท่องเที่ยวมักเอาเศษอาหาร ขนม กล้วย โยนให้มันจึงติดนิสัย ลิงชนิดนี้เคยมีผู้เชื่ยวชาญจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และนักวิจัยชาวญี่ปุ่นเข้ามาศึกษาเมื่อหลายปีก่อน ผลการศึกษาพบว่าเป็นลิงป่าพันธุ์ ไอ้เนี๊ยะ สายพันธุ์เดียวกับลิงที่อำเภอทองผาภูมิ จังหวัดกาญจนบุรี ซึ่งมีเพียงสองแห่งในประเทศไทย นับเป็นลิงที่สมควรอนุรักษ์ ปัจจุบันลิงเหล่านี้ได้แตกออกเป็น 3 ฝูง มักทะเลาะวิวาทย่างที่หาอาหารกัน ด้วยไม่มีศัตรูทั้งจากธรรมชาติและมนุษษ์ จำนวนพลเมืองของพวกมันเพิ่มมากขึ้นเรื่อย ๆ

ถ้ำเปลวป่องฟ้า

            เป็นถ้ำขนาดเล็ก ตั้งอยู่ด้านบนของถ้ำปลา ต้องเดินขึ้นไปประมาณ 200 ขั้นบรรได ทางเดินค่อนข้างลาดชันผู้สูงอายุไม่ควรที่จะขึ้นเพราะอาจจะเกิดอุบัติเหตุได้ ต่อจากบันไดจะเป็นทางเดินเข้าไปอีกราว 50 เมตร ก็จะถึงปากถ้ำ ภายในถ้ำเป็นโพรงหินขนาดใหญ่ มีพระพุทธรูปและเจดีย์ขนาดย่อม สูงประมาณ 3.5 เมตร เป็นเจดีย์ทรง 8 เหลี่ยม ตามตำนานโยนกกล่าวไว้ว่าเป็นเจดีย์ที่บรรจุพระเกศาธาตุของพระพุทธเจ้า สร้างขึ้นในสมัยพระอชุตราชแห่งแคว้นโยนก เมื่อเดือน 6 เหนือ แรม 8 ค่ำ (ไล่เลี่ยกับพระธาตุดอยตุง) ปัจจุบันองค์เจดีย์ได้รับการบูรณะให้อยู่ในสภาพที่สมบูรณ์ ข้างในถ้ำจะมีอากาศเย็น ชื้น เหมือนลักษณะของถ้ำทางภาคเหนือทั่วไป เพดานถ้ำจะมีป่อง 1 ป่อง แสงแดดสามารถลอดผ่านมาได้ (คงเป็นที่มาของชื่อ "ถ้ำเปลวป่องฟ้า) ระหว่างทางเดินขึ้นไปดูถ้ำจะมีศาลาสำหรับดูวิว นักท่องเที่ยวสามารถถ่ายรูป หรือถ่ายวิดีโอไว้เป็นที่ระลึกได้

ถ้ำกู่แก้ว

            อยู่ทางทิศเหนืองของโบสถ์ ตัวถ้ำอยู่สู่งจากพื้นพอประมาณ มีบันไดนาคขึ้นไปสู่ปากถ้ำ ซึ่งโพรงหินบริเวณนี้มีพระพุทธรูปเก่าแก่ปางสมาธิ 1 องค์ จากนั้นจะมีทางเดินแคบ ๆ เข้าไป และแคบขนาดต้องมุดคลานเข้าไปเกือบสิบเมตร จึงไปโผล่ออกสู่บริเวณกว้าง ด้านในถ้ำเป็นโพรงหลืบที่เป็นธรรมชาติสวยงาม ลึกลับ มีห้องหับมากมายล้วนแล้วแต่งดงามวิจิตรพิสดาร ผนังถ้ำและเพดานถ้ำประดับด้วยหินงอกหินย้อย ส่งเกล็ดประกายระยิบระยับ มีลวดลายหินย้อยหินงอกราวกับมีจิตรกรมาปั้นแต่งไว้ น่าเสียดายที่ปัจจุบันหินงอกหินย้อยและความสวยงามเหล่านี้ ได้ถูกรบกวนจากนักท่องเที่ยวที่รู้เท่าไม่ถึงการณ์ทำลายไปหลายจุด                                                 

การเดินทาง                         

            วัดถ้ำปลาตั้งอยู่บริเวณบ้านถ้ำ ต.โป่งผา อ.แม่สาย ห่างจากอ.แม่สายมาทางทิศใต้ประมาณ 13 กิโลเมตร ถ้ามาจากเชียงรายจะอยู่ซ้ายมือ (บริเวณจุดตรวจบ้านถ้ำ) มีป้ายขนาดใหญ่บอกเอาไว้อย่างชัดเจน ระยะทางจากปากทางเข้าไปประมาณ 3 กิโลเมตร ระหว่างทางจะมีหมู่บ้านชาว จีนฮ่อ ให้เห็นอยู่ 2 ข้างทาง ซึ่งจีนฮ่อที่อาศัยอยู่บริเวณนี้เป็นจีนฮ่อที่พลัดถิ่นมากจากประเทศจีนแผ่นดินใหญ่ เมื่อสมัยสงครามปฏิวัติคอมมิวนิสต์ในประเทศจีน เกือบทั้งหมดเป็นชาวจีนฮ่อที่เป็นทหรรกองพล 93 เดิม ดังนั้นจึงมีชนต่างเผ่าต่างภาษามากมาย เช่น จีนฮ่อ เย้า ลีซอ ม้ง ละหู่ เป็นต้น พวกนี้มีบัตรประชาชนไทยเกือบทั้งสิ้น ชาวเขาเหล่านี้บางครอบครัวมีฐานะร่ำรวยสามารถส่งลูกหลานไปเรียนถึงต่างประเทศ เช่นไต้หวัน ญี่ปุ่น สหรัฐอเมริกาก็มี หลายครอบครัวมีฐานะความเป็นอยู่ที่ดีกว่าคนไทยเจ้าของถิ่นเดิมมาก